Ο Στέφανος αναφέρεται ως «Επίσκοπος Μυρέων» σε πατριαρχική επιστολή, με την οποία του δόθηκε άδεια να μεταβεί στη Λήμνο, για να επισκεφθεί την ασθενούσα μητέρα του. Στους υπάρχοντες κώδικες υπάρχει συγχαρητήρια επιστολή του Μητροπολίτη Λήμνου Διόδωρου και της Κεντρικής Επιτροπής προς τον Θεοφιλέστατο Στέφανο για την προαγωγή του σε επίσκοπο, τον Μάρτιο του 1902. Υπάρχει και συγχαρητήρια επιστολή του μητροπολίτου Γενναδίου, της Δημογεροντίας και της Εφορίας αυτή τη φορά, για την ανάδειξη του Στεφάνου ως Μητροπολίτου Βοδενών.
Από τον κώδικα Α8-Σ13 φαίνεται πως ο Στέφανος εργάσθηκε την εποχή εκείνη στην επαρχία Βοδενών με υπερβάλλοντα ζήλο και επέδειξε έντονη κοινωνική και εθνική δραστηριότητα. Ήταν η εποχή κατά την οποία η Μακεδονία αποτελούσε πεδίο ιδεολογικών και εθνικών ανταγωνισμών. Καθ' όλη τη διάρκεια του Μακεδονικού αγώνα ήταν παραδειγματική η φιλοπατρία και οι αγώνες του Στεφάνου για την τόνωση και αναπτέρωση του εθνικού φρονήματος των υπόδουλων τότε Ελλήνων και για την επικράτηση στην περιοχή αυτή των ελληνικών ενόπλων ομάδων. Η ανάγνωση του κώδικα αυτού επιφυλάσσει εκπλήξεις σχετικά με τη μεγάλη εθνική προσφορά του τότε Μητροπολίτη Βοδενών, Στεφάνου Δανιηλίδη, στον Μακεδονικό αγώνα.
Το 1910 ο Στέφανος τοποθετήθηκε ως Μητροπολίτης στη Μητρόπολη Πελαγονίας, όπου διαδέχθηκε τον αρχιερέα Βασίλειο, και στις 31 Μαΐου του 1912 μετατέθηκε στη Μητρόπολη της ιδιαίτερής του πατρίδας, της Λήμνου, κατά το ακόλουθο υπόμνημα της εκλογής του:
«Ἰωακεὶμ ἐλέῳ Θεοῦ ... (σφραγίδα)
Τῆς ἁγιωτάτης μητροπόλεως Λήμνου ἀπροστατεύτου διαμεινάσης, ἅτε δὴ τοῦ ἐν αὐτῇ ἀρχιερατεύοντος κ. Γενναδίου προαχθέντος εἰς τὸν θρόνον τῆς ἁγιωτάτης μητροπόλεως Θεσσαλονίκης, ἡμεῖς οἱ τὴν ἱερὰν σύνοδον ἀποτελοῦντες ἀρχιερεῖς, μετὰ τὴν γενομένην συνοδικῶς πρότασιν καὶ προβολὴν τριῶν ὑποψηφίων, τῶν μᾶλλον καταλλήλων εἰς τοῦτο, ἤτοι τῶν πανιερωτάτων μητροπολιτῶν Πελαγονίας κ. Στεφάνου, Ἴμβρου κ. Χρυσοστόμου καὶ Ἐλασσῶνος κ. Νεοφύτου, κατελθόντες ἐν τῷ πανσέπτῳ πατριαρχικῷ ναῷ τοῦ ἁγίου ἐνδόξου μεγαλομάρτυρος Γεωργίου τοῦ τροπαιοφόρου, προτροπῇ καὶ ἀδείᾳ τοῦ Παναγιωτάτου … καὶ Σεβασμιωτάτου ... καὶ ψήφους κανονικὰς προβαλλόμενοι, τῆ ἐπικλήσει τοῦ Παναγίου πνεύματος, εἰς ἐκλογὴν τοῦ ἀξίου, ἐκ τῶν τεθέντων τριῶν ὑποψηφίων προσώπων, προεκρίναμεν τὸν Πανιερώτατον Μητροπολίτην Πελαγονίας κ. Στέφανον.
»Ἐφ ᾧ εἰς ἔνδειξιν καὶ μόνιμον ἀσφάλειαν κατεστρώθη τὰ ὀνόματα αὐτῶν ἐν τῷδε τῷ ἱερῷ κώδικι τῆς ἁγίας τοῦ Χριστοῦ Μεγάλης Ἐκκλησίας.
»Ἐν ἔτει σωτηρίῳ 1912 κατὰ μῆνα Μάϊο (λα΄). Ἐπινεμήσεως Ι΄»
Λίγους μήνες μετά την εκλογή του, τον Οκτώβριο του 1912, ο νέος Μητροπολίτης ήταν αυτός που ετέλεσε την πρώτη δοξολογία στον Ιερό Μητροπολιτικό Ναό της Αγίας Τριάδος, αμέσως μετά την «κατάληψη» της Λήμνου από τον ελληνικό στόλο.
Τον ενθουσιασμό των Λημνίων για την απελευθέρωσή τους σκιαγραφεί το ακόλουθο γεγονός: στις 14 Δεκεμβρίου του 1912, δύο μήνες περίπου μετά την απελευθέρωση της Λήμνου, η Κεντρική Επιτροπή των Λημνίων, υπό την προεδρία του μητροπολίτη Στεφάνου, αποτελούμενη από τα τακτικά μέλη των κοινοτικών σωματείων και με μέλη του διοικητικού συμβουλίου τους: Παλαιολόγο Τριανταφύλλου, Ε. Γ. Κομνηνό, Κωνσταντίνο Βαλέτα, Γ. Κανέλλο, Κ. Παντελή και Σ. Νιάνουρα, συγκέντρωσε, με έρανο που διενήργησε μεταξύ των κατοίκων, το ποσό των 20.336,60 δραχμών για τις ανάγκες του ελληνικού έθνους. Από το ποσό αυτό η Κεντρική Επιτροπή έστειλε, μέσω του Ναυαρχείου, στην ελληνική κυβέρνηση 12.000 δραχμές, για να διατεθούν ως ακολούθως: α) 4.000 δρχ. υπέρ της φανέλας του Στρατιώτου, β) 4.000 δρχ. υπέρ του Ταμείου του Εθνικού Στόλου, γ) 4.000 δρχ. υπέρ της Επιτροπής περίθαλψης των οικογενειών των πεσόντων στους πολέμους στρατιωτών. Το ποσό που απέμεινε, 8.336,60 δρχ., ο μητροπολίτης πρότεινε, αφού αφαιρεθούν τα έξοδα που προέκυψαν κατά την παραμονή του ελληνικού στρατού στη Λήμνο, να σταλεί και αυτό στην ελληνική κυβέρνηση για να το διαθέσει όπως πλέον αυτή επιθυμούσε.
Έκτοτε, η επαρχία Λήμνου ενσωματώθηκε στην ελληνική επικράτεια, ενώ από το 1928 η οικεία Μητρόπολη υπήχθη διοικητικά στην Εκκλησία της Ελλάδος. Ο Μητροπολίτης Στέφανος συνέχισε την αρχιερατεία του μέχρι το 1947. Επί των ημερών του ολοκληρώθηκε και η κατασκευή του Νοσοκομείου Λήμνου, με τη βοήθεια των ευρισκομένων στο εξωτερικό αποδήμων Λημνίων.
Πηγή: Παλαμηδά-Ευθυμιάδου Θεοδώρας, Εκκλησιαστική Ιστορία Λήμνου, Αλεξανδρούπολη 2020.
